התבחין המשולש:
ההיסטוריה של הסקר הביוכימי בשליש השני, החלה בשנות השבעים המאוחרות, משהתברר כי חלבון הקרוי חלבון אלפא עוברי, נמצא בערכים גבוהים מהנורמל בשבוע הריון נתון, כאשר יש דלף של נוזל המוח, מפתח בעמוד השדרה אל מי השפיר ומשם למחזור הדם האמהי. מדובר בעידן שלפני האולטרה סאונד וכתוצאה מבדיקת החלבון העוברי נמנעו לידות חי של עוברים רבים עם מום קשה בעמוד השדרה.
מאוחר יותר נתגלה שאותו חלבון עוברי , מצוי בערכים נמוכים מהנורמל במקרים של תסמונת דאון. לימים נוספו עוד שני סמנים לתבחין, האחד הוא ההורמון הידוע בהריון ה HCG והשני – אסטריול .
רמות גבוהות של HCG ונמוכות של אסטריול וחלבון עוברי, יכולות לרמז על סיכון יתר לתסמונת דאון.
הסיכון המשוקלל לתסמונת זו לוקח בחשבון גם את גיל האישה, שהוא לכשעצמו גורם סיכון עצמאי , שאינו קשור לחומרים הנבדקים.
השימוש בסקר הביוכימי נפוץ במהירות בכל העולם לרבות אזורים מרוחקים מהציביליזציה.
כושר הניבוי של תסמונת דאון בשיטה זו נע בין 67 – 70% והוא אינו מספיק
כיום כאשר ניתן מוקדם יותר בהריון לקבל ניבוי טוב יותר מהשילוב של השקיפות העורפית והסקר הביוכימי המוקדם, ירדה קרנו של הסקר בשליש השני במידה רבה. זאת גם לנוכח ההתפתחויות הדרמטיות בתחום האולטרה סאונד והיכולת לאבחן מומים בעמוד השדרה טוב יותר, באמצעות האולטרה סאונד.
